Entrevista a Carolyn Hogg. A tecnologia que está a ajudar a salvar os coalas na Austrália

A Universidade de Sydney e a Amazon Web Services estão a criar uma biblioteca de genoma dos coalas. Em entrevista à Green Savers, Carolyn Hogg, co-investigadora do programa da School of Life and Environmental Sciences da Universidade de Sydney, fala um pouco sobre o projeto e como este vai proteger as populações de coalas.

A população de coalas da Austrália diminuiu 26% durante os últimos 20 anos. O que está a ser desenvolvido, pela Universidade de Sydney e pela Amazon Web Services (AWS), no intuito de proteger e garantir a conservação esta espécie?

Os coalas da Austrália são uma espécie ameaçada. O governo do estado de Nova Gales do Sul (NSW) tem o objetivo de duplicar a população de coalas até 2050, mas ninguém sabe quantos coalas ainda resistem na natureza. É importante acelerar a investigação genómica para compreender a saúde e a resistência das diferentes espécies de coalas, para entender como se adaptam a ambientes em mudança e para descobrir e proteger as populações que têm variantes genéticas importantes.

Com o apoio financeiro do governo federal e dos estados de NSW, os cientistas do Australasian Wildlife Genomics Group da Universidade de Sydney submeteram os genomas inteiros de 116 coalas para o domínio público para acelerar a investigação genómica vital para apoiar as espécies ameaçadas. Inserimos os dados através do Open Data Sponsorship Program da Amazon Web Services (AWS), que cobre o custo de armazenamento de conjuntos de dados de alto valor otimizado na cloud, disponíveis ao público. Isto ajuda a democratizar o acesso aos dados e a desenvolver novas técnicas, formatos e ferramentas nativas da cloud que reduzem o custo de trabalhar com dados.

Após a conclusão do projeto, 450 genomas de coalas vão estar disponíveis em servidores fornecidos pela AWS. Os cientistas vão poder aceder aos dados através de qualquer navegador web e utilizá-los para investigar questões-chave relacionadas com a interação entre a diversidade genética do coala e a doença, a reprodução, os alimentos que consomem e a forma como serão capazes de se adaptar a um clima em mudança.

A sequência genómica: O ADN é o elemento constitutivo da vida; é o que faz um animal ser como ele é. Se imaginarmos que o ADN são as palavras de um livro, a sequenciação genómica é a forma como lemos o livro. Quanto mais variação genética uma espécie tem, mais potencial tem de se adaptar a futuras mudanças. Sabendo onde se encontra a variação genética, somos capazes de assumir ações de conservação para maximizar a diversidade genética, minimizar a consanguinidade, e assegurar a existência de variantes genéticas imunes. Ao partilhar os dados genéticos dos coalas através do Open Data Sponsorship Program da AWS, podemos trabalhar com outros cientistas para partilhar investigações e compreender como podemos prevenir ainda mais doenças e colaborar para resultados de conservação mais rápidos.

Em que fase do projeto se encontram?

Recebemos mais de 600 amostras para sequenciação e completámos a sequenciação de mais de 300 amostras de toda a variedade dos coalas. Vamos publicar estes genomas no Open Data Sponsorship Program da AWS, este mês. A equipa da Universidade de Sydney reuniu cientistas de todo o mundo para formar um consórcio com o objetivo de utilizar estes genomas para responder a questões-chave e biológicas para a gestão dos coalas.

Porque é que é importante salvar as populações ameaçadas de coalas da Austrália?

Os coalas são importantes para o meio ambiente e ecossistema australiano porque os seus depósitos de fezes alimentam o solo florestal que ajudam o ecossistema a crescer e a regenerar-se, levando a um aumento da biodiversidade. Ao proteger os coalas e o seu habitat, o habitat de centenas de outras plantas e animais também é protegido.

No entanto, o coala enfrenta ameaças crescentes de limpeza de terras, alterações climáticas, doenças, e limitações à diversidade genética da espécie para se adaptar. Atualmente existe informação limitada sobre a densidade populacional, diversidade genética, e estado de saúde dos coalas em NSW. Esta investigação é um passo importante para a duplicação da população de coalas de NSW até 2050.

Além dos benefícios para a própria espécie, que benefícios trará este projeto para a biodiversidade do país?

Ao colaborar com a AWS para alojar os nossos conjuntos de dados abertos, podemos tornar os dados publicamente disponíveis assim que tivermos sequenciado as amostras para ajudar a acelerar a investigação para esta espécie icónica. Utilizar a cloud significa que podemos acelerar o processamento de dados de investigação de semanas para horas, e permitir que os investigadores australianos colaborem com a comunidade de conservação global para acelerar os resultados da investigação.

O nosso trabalho genómico faz parte de um programa mais amplo para mapear os genomas de mais de 50 espécies ameaçadas como parte da Iniciativa de Espécies Ameaçadas. Em 2022, o programa irá centrar-se também nos genomas de outras espécies, incluindo o bilby, o numbat e o skink da Ilha do Natal extinto na natureza. Da mesma forma, vamos inserir informação genómica para a gestão do Diabo da Tasmânia – outro mamífero australiano cuja população está em declínio – no Open Data Sponsorship Program da AWS.

Pode revelar algumas descobertas já feitas sobre os coalas e/ou algumas das soluções que pretendem aplicar para a sua proteção?

O projeto ainda está na fase de geração de dados, prevemos começar a utilizar os conjuntos de dados em 2022 para responder às nossas perguntas-chave.