O genoma do peixe-mão manchado foi sequenciado pela primeira vez
Cientistas da CSIRO, a agência nacional de ciência da Austrália, sequenciaram pela primeira vez o genoma completo do raro e esquivo peixe-mão manchado (Brachionichthys hirsutus) – um peixe marinho em perigo de extinção, endémico da Tasmânia.
Outrora abundante na costa sudeste da Tasmânia, o número de exemplares da espécie tem vindo a diminuir. Em 1996, tornou-se o primeiro peixe marinho classificado como criticamente ameaçado.
Atualmente, os cientistas estimam que restam menos de 2.000 indivíduos na natureza.
O rápido declínio do peixe-mão manchado é atribuído a práticas de pesca históricas, ao desenvolvimento costeiro, às alterações climáticas e à chegada de espécies invasoras.
O genoma é uma ferramenta crítica necessária para ajudar a conservar a espécie e exigiu um esforço coordenado, liderado pela Iniciativa de Genómica Aplicada (AGI) da CSIRO.
O investigador principal da CSIRO, Gunjan Pandey, afirmou que a sequência do genoma ajudará os esforços em curso para aumentar os números da população e monitorizar a diversidade genética.
“O genoma ajuda-nos a compreender o funcionamento de um organismo”, afirma Pandey, citado em comunicado, explicando que “fornece uma base para compreender a expressão dos genes na vida quotidiana e oferece informações sobre a sua história evolutiva”.
“Com o genoma, podemos ajudar na deteção de espécies, monitorizar populações e até estimar o tempo de vida dos peixes”, acrescenta.
A investigadora principal, Carlie Devine, especializada na conservação e gestão do peixe-mão manchado, afirma que esta rica informação genética ajudará a definir a estratégia de conservação a longo prazo.
“As medidas de conservação estão a expandir-se para incluir a genética, reconhecendo que uma abordagem multidisciplinar, juntamente com a investigação em ecologia, é essencial para a conservação eficaz de espécies ameaçadas”, sublinha Carlie Devine.
Pandey diz que a oportunidade de sequenciar o genoma deste animal esquivo surgiu quando um peixe-mão-malhado faleceu de causas naturais em cativeiro.
“Espécies marinhas como o Spotted Handfish são notoriamente difíceis de trabalhar”, afirma Pandey, sublinhando que “o ADN degrada-se rapidamente e fica contaminado com microorganismos”.
“Isto torna a montagem de um genoma puro extremamente difícil”, adianta.
A equipa conseguiu sequenciar o genoma completo a partir de uma pequena quantidade de ADN de má qualidade, utilizando o que se designa por protocolo de baixo consumo. Isto foi feito em colaboração com a Biomolecular Resource Facility da Australian National University.
“Somos uma das três únicas equipas a nível mundial que utilizam este protocolo”, revela Pandey.
“Personalizámos todo o processo – desde a montagem do laboratório até ao software de bioinformática – para sequenciar um genoma de alta qualidade a partir de ADN de baixa qualidade”, explica.
“O que antes demorava seis a doze meses, agora podemos fazer em dias. Esta tecnologia é muito promissora para a nossa compreensão e conservação de espécies ameaçadas de extinção na Austrália e em todo o mundo”, acrescenta.
Os cientistas da CSIRO têm vindo a monitorizar o Spotted Handfish desde 1997, mantendo um olho em nove populações localizadas no estuário de Derwent.
A abordagem multifacetada da CSIRO para conservar o Spotted Handfish inclui um programa de reprodução em cativeiro, bem como abordagens inovadoras para a restauração do habitat.